Zusätzlich zu den Fächern des obligatorischen Lehrplans bietet die Sekundarschule Affoltern a.A./Aeugst a.A. Freifächer an.

In der ersten Klasse besteht die Möglichkeit, zwei Lektionen Handarbeit textil oder Handarbeit nichttextil zu besuchen.
In der zweiten Klasse besteht die Möglichkeit zwei Lektionen Haushaltkunde zu besuchen.
Damit betonen wir die Wichtigkeit dieser Fächer, die in den letzten Jahren von einem Abbau betroffen waren.

Meist über Mittag können sich die Schülerinnen und Schüler in einem Sportkurs betätigen. Die Anmeldung erfolgt jeweils zu Beginn eines Schuljahres. Für diese Kurse wird ein jährlicher Beitrag von Fr. 100.-- erhoben.
Aus diesen Kursen bilden sich oft Teams, die an den regionalen Schulsportanlässen teilnehmen können. Erfolgreiche Teams qualifizieren sich für kantonale und schweizerische Turniere.

Die Fächer Ennetgrabenband und Chor werden je nach Teilnehmerzahl getrennt geführt und bereichern den Schulalltag und unsere Anlässe ebenso wie der Theaterkurs. Diese Kurse werden stufen- und altersdurchmischt erteilt.